Все работники могут собраться и совместно подать жалобу в трудовую инспекцию и в прокуратуру. Но тут проблема в том, что если организация ликвидируется, то Вам очень трудно будет что либо получить и доказать.

Можете написать, но это по большому счету ничего не даст. Так за все долги ООО отвечает сама организация а не директор, т.е. в случаи если Директор уйдет, то и вся ответственность с него отпадает.